Сюжетная линия проекта пролегает между событиями предыдущих частей серии - «Принц Персии: Пески времени» (Prince of Persia: The Sands of Time) и «Принц Персии: Схватка с судьбой» (Prince of Persia: Warrior Within). Именно тогда Принц достиг возможности управлять Песками Времени. Впоследствии, решив навестить своего брата Малика, он сталкивается с новой угрозой...

Напомним, что разработчики, шагая в ногу со временем, переделали боевую систему, вследствие чего игрок получил возможность сражаться сразу с пятидесятью врагами. Помимо этого Принц изучил новые акробатические трюки – уклоны, прыжки и многое другое. Также он может управлять всеми стихиями природы – вода, огонь, воздух и земля, короче говоря, использовать соответствующую магию. Таким образом, в самый разгар боя можно окружить себя защитным полем, вызвать торнадо, растопить преграду, заморозить, к примеру, водопад и даже управлять пространством, что даст вам возможность выбраться из тупика.